Hệ thống PGS có một cấu trúc đơn giản gồm nhiều “đơn vị”, mỗi đơn vị có vai trò và nhiệm vụ riêng được miêu tả theo bảng dưới đây:

 

1. Hộ nông dân cá thể:
Để tham gia vào nhóm sản xuất, nông dân phải liên hệ với người lãnh đạo nhóm sản xuất trong khu vực của họ.
Vai trò và nhiệm vụ chính của nông dân và các thành viên trong gia đình họ gồm:
·    Học các nguyên tắc và phương pháp làm canh tác hữu cơ.
·    Tham gia một cách tích cực vào tất cả các hoạt động bao gồm các cuộc họp nhóm, các hoạt động tập huấn, thanh tra, v…v
·    Học về các tiêu chuẩn PGS
·    Điền vào Kế hoạch quản lí trang trại và cập nhật nó thường xuyên.
·    Làm cam kết và nghiêm ngặt tuân thủ theo cam kết
·    Cung cấp các sản phẩm hữu cơ và đảm bảo chất lượng của chúng.
·    Khuyến khích và giúp đỡ các nông dân khác tham gia PGS.

2.    Nhóm sản xuất:
Một nhóm sản xuất bao gồm ít nhất 5 hộ nông dân sống ở gần nhau.
Nhóm sản xuất sẽ :
·    Đáp ứng các hoạt động hỗ trợ cho các thành viên ( ví dụ: trong việc sản xuất hoặc quản lí sổ sách)
·    Thu thập các bản cam kết của thành viên và đảm bảo rằng các thành viên hiểu rõ về các tiêu chuẩn của PGS.
·    Lập kế hoạch sản xuất của nhóm và tuyên truyền các sản phẩm của nhóm.
·    Tiến hành kiểm tra chéo định kỳ ( kiểm tra của thanh tra ) cho tất cả các thành viên nhóm.
·    Thúc đẩy các thành viên trong nhóm đạt được mục đích và mục tiêu của nhóm.
·    Đảm bảo tính công bằng và tránh xung đột quyền lợi giữa các thành viên.

3. Liên nhóm
Một liên nhóm bao gồm một số các nhóm sản xuất ở một khu vực nhất định. Các thành viên bao gồm trưởng của tất cả các nhóm sản xuất cũng như các thành viên từ bên ngoài như người tiêu dùng, thương lái, các quan chức địa phương, giảng viên nông dân hoặc nhân viên của các tổ chức phi chính phủ, đang làm việc trong khu vực của liên nhóm.
Nhiệm vụ và vai trò của liên nhóm là:
·    Làm việc như một điểm liên lạc của nông nghiệp hữu cơ và PGS
·    Điều phối tiến trình hoàn thành bản kế hoạch quản lí trang trại và bản cam kết của nông dân, đảm bảo rằng các thành viên hiểu rõ về tiêu chuẩn PGS.
·    Lưu giữ hệ thống dữ liệu và cập nhật hàng năm tình trạng hữu cơ cũng như những hoạt động sản xuất của các thành viên.
·    Điều phối tiến trình kiểm tra chéo
·    Kiểm tra sổ sách của tiến trình kiểm tra chéo của mỗi nhóm sản xuất.
·    Xem xét các tài liệu kiểm tra chéo của các nhóm và đôn đốc các hoạt động khi cần
·    Ra quyết định chứng nhận.
·    Có các xử lý khi có gian lận hoặc sai phạm.
·    Điều phối kế hoạch sản xuất cho tất cả các nhóm trong liên nhóm và quảng bá các sản phẩm của liên nhóm.
·    Thúc đẩy các thành viên liên nhóm đạt được các mục tiêu, mục đích của liên nhóm
·    Đảm bảo không có xung đột quyền lợi giữa các thành viên.
·    Hàng năm báo cáo tới nhóm điều phối PGS theo đúng quy định.

4. Nhóm điều phối PGS:
Nhóm điều phối PGS chịu trách nhiệm những vấn đề lớn phổ biến trong các liên nhóm nói chung.  Các   thành viên của nhóm điều phối là các tình nguyện viên có năng lực kĩ thuật được chọn tại các cuộc họp thường niên của PGS.

Vai trò và trách nhiệm của nhóm điều phối viên bao gồm:
·    Bảo vệ quyền lợi của các Liên nhóm, nông dân và PGS.
·    Duy trì và cập nhật các tiêu chuẩn hữu cơ PGS và phê chuẩn hướng dẫn vật tư đầu vào trong sản xuất để áp dụng trong thanh tra và trừng phạt.
·    Tiếp nhận các đơn đăng kí từ các nhóm sản xuất mới và phân bổ tới Liên nhóm thích hợp.
·    Hỗ trợ các nhóm sản xuất và các Liên nhóm cải tiến các thủ tục và hệ thống.
·    Điều phối việc lấy mẫu kiểm tra ngẫu nhiên thuốc sâu tại trang trại hoặc cửa hàng.
·    Tiếp nhận các thông tin/ báo cáo từ Liên nhóm.
·    Cấp giấy chứng nhận
·    Quảng bá các sản phẩm hữu cơ
·    Chịu trách nhiệm quản lí nhãn hiệu riêng của PGS (tên thương mại)
·    Báo cáo tới các cấp cao hơn và các nhóm địa phương
·    Quảng bá và liên hệ với các cơ quan thông tin đại chúng.